市場概要
2024年に18.9億米ドルと評価された世界のシングルセルシーケンス市場は、2025年には19.5億米ドルとなり、2025年から2030年にかけて年平均成長率12.2％で堅調に推移し、期間終了時には34.6億米ドルに達すると予測されています。
この成長の原動力となっているのは、より効率的な細胞分離法、改良されたライブラリー調製キット、ハイスループットでコスト効率の高いシーケンスプラットフォームなど、シングルセルワークフローの進歩です。これらの改善により、シングルセルシーケンスがより身近でスケーラブルになり、研究者や臨床医が細胞の違いをより正確に研究できるようになりました。このような進歩は、個々の細胞の挙動を理解することでより正確な治療法の開発をサポートする、腫瘍学、免疫学、感染症などの分野で不可欠です。さらに、個別化医療やバイオマーカー探索の需要の高まりは、製薬会社やバイオテクノロジー企業が薬剤開発や患者層別化のためにシングルセルデータへの依存を強めていることから、市場拡大に寄与しています。さらに、AIと機械学習ツールの統合により、複雑なデータ解析が簡素化・高速化され、大規模研究がより実用的になっています。Sequencing by Expansion（SBX）などの新技術の開発や、特にがん診断におけるシングルセルシーケンスの臨床採用の拡大は、この分野に参入する企業にとって大きなチャンスです。バルクシーケンスと比較して、シングルセルテクノロジーはより深い生物学的洞察を提供するため、研究、創薬、臨床の各場面での継続的な普及が期待されます。
推進要因 シングルセルシーケンス技術の継続的な進歩
シングルセルシーケンス（SCS）技術の継続的な進歩は、世界のSCS市場の成長を加速する主要なドライバーです。過去数年にわたり、細胞の捕捉効率、バーコード法、ライブラリー調製プロトコル、シーケンスケミストリーの継続的な改善により、コストと納期を削減しながらデータの質が大幅に向上しました。例えば、コンビナトリアルインデキシングや液滴マイクロフルイディクスにおける技術革新は、1回のランで数十万個の細胞を処理することを可能にし、ハイスループット研究をより日常的なものにしています。このような改良により、学術研究者の間で導入が進み、希少細胞集団の同定、腫瘍の不均一性のモニタリング、新たな治療標的の発見を目指す製薬会社や臨床研究所にとって、この技術はより魅力的なものとなっています。このような技術的進歩は、高コスト、拡張性の制限、技術的複雑さといった従来の障壁を軽減しようとしており、その結果、市場の対応可能なユーザーベースが拡大し、研究およびトランスレーショナルな環境におけるSCSの広範な統合が可能になります。
阻害要因：シングルセルシーケンスおよび解析製品の高コスト
シングルセルシーケンス（SCS）装置と消耗品の高コストは、依然としてこの技術の広範な採用を制限する最も大きな制約の1つです。装置だけでなく、試薬、マイクロ流体チップ、ライブラリー調製キット、シーケンス消耗品の経常コストは、各実験にかなりの経済的負担をもたらします。例えば、ハイスループットのシングルセルRNA-seq研究を実施する場合、プレシーケンスやデータ解析を含むすべてのワークフロー段階を考慮すると、1サンプルあたり数千ドルのコストがかかります。このような高額なコストは、主に資金力のある学術センターや大手製薬会社にアクセスを制限し、中規模の研究ラボや診断ラボ、新興市場での市場浸透を制限しています。さらに、トランスクリプトミクスとプロテオミクスやエピゲノミクスを組み合わせたマルチオミクスワークフローの複雑化により、試薬の消費量と分析需要が増加し、コスト圧力がさらに高まっています。エンドユーザー、特に診断やCROの分野では、価格への敏感さが依然として重要な関心事であるため、より広範な研究や臨床のパイプラインにシングルセル技術を日常的に組み込む上で、コストが障壁となり続けています。
機会： 臨床・診断アプリケーションにおけるSCSの採用拡大
臨床および診断アプリケーションにおけるシングルセルシーケンス（SCS）の採用拡大は、市場拡大の大きなチャンスです。医療システムが精密医療へとますますシフトする中、シングルセルRNAシーケンス（scRNA-seq）は、希少細胞集団の同定、疾患進行のモニタリング、個別化された治療戦略の指針を示す能力で人気を集めています。例えば、腫瘍学では、SCSによって不均一な腫瘍内の循環腫瘍細胞や希少なサブクローンを検出することができ、治療抵抗性を予測し、治療法を調整する上で極めて重要な知見が得られます。この臨床的可能性は、コンパニオン診断や標的治療パイプラインにSCSを組み込もうとする診断薬開発企業や製薬会社の関心を集めています。さらに、シングルセル技術は、希少な免疫細胞サブセットが重要な役割を果たす免疫関連疾患や感染症の早期発見のために研究されています。高コスト、データ解釈の複雑さ、標準化された臨床グレードのワークフローの欠如といった課題にもかかわらず、自動化、サンプル保存、AIベースのデータ解析における継続的な進歩が、こうした障壁の克服に役立っています。臨床検証の進展に伴い、機器、消耗品、分析プラットフォームを含む統合ソリューションを提供する企業は、精密診断分野に参入する病院、診断ラボ、バイオ製薬企業からの新たな需要を取り込むことで、大きな利益を得るでしょう。
課題 データの複雑性と分析のボトルネック
データの複雑さと解析のボトルネックは、シングルセルシーケンス市場において依然として重要な課題です。シングルセルデータセットは本質的に高次元でスパースであり、何万もの細胞で何千もの遺伝子が測定されるため、ゼロカウントやノイズの多いシグナルが多くなります。例えば、scRNA-seqワークフローはしばしば低いRNA捕捉効率や増幅バイアスに悩まされ、正規化が複雑になり、実際の生物学的変動が不明瞭になります。サンプルが異なる時間または様々な試薬で処理された場合に生じるバッチ効果は、主要なパターンをさらに覆い隠し、再現性を低下させます。細胞のクラスタリングや希少集団の同定には、高度なアルゴリズムや専門家のアノテーションが必要ですが、多くのラボでは、これらの要求を管理するバイオインフォマティクスのインフラや熟練した人材が不足していることがよくあります。Cell RangerやSeuratのようなツールであっても、品質管理、正規化、次元削減などの前処理ステップは、注意深く扱わなければバイアスを引き起こす可能性があります。その結果、データ解析がボトルネックとなり、プロジェクトのタイムラインを遅らせ、コストを増加させます。このような課題に対処するには、複雑なシングルセルデータから信頼性の高い知見を引き出せるよう、使いやすいソフトウェア、標準化されたワークフロー、トレーニングプログラムへの継続的な投資が必要です。
主要企業・市場シェア
シングルセルシーケンス市場のエコシステムは、シングルセルシーケンス製品・サービスを提供する大手企業、規制当局、および学術・研究機関、病院・診断ラボ、製薬・バイオテクノロジー企業、受託研究機関などのエンドユーザーで構成されます。これらの利害関係者は、シングルセルシーケンス市場の成長と技術革新を推進するために相互に影響し合い、協力しています。
製品別では、消耗品セグメントが2024年の市場で最大シェアを占めています。
製品の種類別では、シングルセルシーケンス市場は消耗品、機器、ソフトウェアに区分されます。消耗品セグメントはさらに、プレシーケンス消耗品とシーケンス消耗品に分けられます。2024年には、消耗品がシングルセルシーケンス市場で最大のシェアを占めています。消耗品の大きなシェアは、細胞分離試薬やバーコードキットなどのプレシーケンス消耗品と、フローセルやシーケンスケミストリーなどのシーケンス消耗品の両方が、各実験に必要であり、持続的な需要を牽引しているためです。
用途別では、研究用途セグメントが2024年の市場で最大のシェアを占めています。
アプリケーション別では、シングルセルシーケンス市場は研究アプリケーションと診断・臨床アプリケーションに区分されます。2024年には、研究アプリケーションがシングルセルシーケンスアプリケーション市場で最大のシェアを占めました。シングルセルシーケンスは、研究者が個々の細胞の違いを研究するのに役立ち、特にがん、神経科学、感染症、免疫学などの分野で有用です。さらに、製薬企業やバイオテクノロジー企業は、希少な細胞サブポピュレーションの同定、治療標的のスクリーニング、薬剤耐性や反応メカニズムの解明など、初期の創薬にSCSを採用するケースが増えています。
地域別に見ると、シングルセルシーケンス市場は北米、ヨーロッパ、アジア太平洋地域、中南米、中東、アフリカに区分されます。2024年には、北米がシングルセルシーケンス市場で最大の市場シェアを占めています。この大きなシェアは、多くの一流学術機関、研究センター、バイオテクノロジー企業がゲノムおよび細胞生物学研究に積極的に取り組んでおり、高度な研究インフラが確立されていることに起因しています。このようなエコシステムにより、最先端のシングルセル技術に対する需要が高まっています。また北米には、10x Genomics、Illumina、Pacbioなど、シングルセルシーケンス分野の大手企業が複数あり、製品の早期供給と迅速な導入に貢献しています。さらに、支持的な規制環境、高い医療費、個別化医療への関心の高まりが、この地域の市場でのリーダーシップをさらに強化しています。
2025年7月、CS Genetics社（英国）は、ハイスループットのシングルセルRNAシーケンシングを集団規模で即日実施するための96サンプルSimpleCell 3′ Gene Expression Kitを発売しました。
2025年5月、BD（アメリカ）は、スペクトル解析とリアルタイム細胞イメージングを組み合わせた高性能フローサイトメトリーシステム、FACSDiscover A8 Cell Analyzerを発売。シングルセルシーケンスワークフローのプレシーケンスステージ用に設計され、50以上のマーカーを同時に分析することで、深い免疫表現型解析と標的細胞集団の正確な同定が可能。
2025年3月、Almacグループ（アイルランド）傘下のAlmac Diagnostic Services社は、バイオ医薬品顧客向けのゲノムサービスポートフォリオを強化するため、新しいシングルセルRNAシーケンス（scRNA-seq）サービスを導入しました。
2025年2月、Parse Bioscience社（アメリカ）はEvercode WT PentaおよびPenta 384を発表し、1回のランで最大500万細胞および384サンプルのシングルセルRNAシーケンスが可能になりました。
シングルセルシーケンス市場は、幅広い地域で事業を展開する少数の大手企業によって支配されています。シングルセルシーケンス市場の主要プレーヤーは以下の通りです。
Danaher (US)
10x Genomics (US)
Novogene Co., Ltd. (China)
PacBio (US)
Thermo Fisher Scientific, Inc. (US)
Oxford Nanopore Technologies plc (UK)
QIAGEN (Germany)
Bio-Rad Laboratories, Inc. (US)
Illumina Inc. (US)
BD (US)
Cytek Biosciences (US)
Mission Bio (US)
Element Bioscience (US)
Parse Bioscience (US)
Singleron Biotechnologies (Germany)
【目次】
はじめに
1
1.1 調査の目的
1.2 市場の定義（包含と除外
1.3 市場範囲 対象市場
1.4 通貨
1.5 利害関係者
調査方法
2
2.1 調査データ 二次データ 一次データ
2.2 市場規模の推定 世界市場の推定（ボトムアップアプローチ）- 主要専門家による洞察 セグメント別市場の推定（トップダウンアプローチ）
2.3 市場成長予測
2.4 データ三角測量
2.5 リサーチの前提
2.6 調査の限界
2.7 リスク分析
エグゼクティブサマリー
3
プレミアム・インサイト
4
市場概要
5
5.1 はじめに
5.2 市場ダイナミクス – 成長機会の戦略的分析 – 課題
5.3 顧客のビジネスに影響を与えるトレンド／混乱
5.4 価格分析 主要企業別オファリング（機器）の平均販売価格動向（2022～2024年） 地域別オファリング（機器）の平均販売価格動向（2022～2024年） 市場の変動とシングルセルシーケンス製品の価格設定への影響
5.5 価値/サプライチェーン分析
5.6 エコシステム分析 シングルセルシーケンス市場における新たなビジネスモデルとエコシステムの変化
5.7 技術分析 主要技術-マイクロ流体ベースの単一細胞分離-次世代シーケンサー（NGS）-PCR-フローサイトメトリー 補完技術-蛍光活性化セルソーティング（FACS）-磁気活性化セルソーティング-空間トランスクリプトミクス-AI＆機械学習 隣接技術-クリスプルをベースとした単一細胞機能ゲノミクス-ナノテクノロジー＆合成生物学
5.8 特許分析
5.9 関税と規制の状況 関税データ（HSコード：9027、3822） 規制の枠組み 規制機関、政府機関、その他の組織 シングルセルシーケンス市場における規制上の課題 シングルセルシーケンス市場の持続可能性への影響
5.10 主要会議・イベント（2025-2026年
5.11 貿易分析（HSコード：9027、3822） 輸出シナリオ 輸入シナリオ
5.12 ポーターの5つの力分析 新規参入の脅威 代替品の脅威 サプライヤーの交渉力 買い手の交渉力 競争の激しさ ライバル関係
5.13 顧客動向と買い手の行動 購入プロセスにおける主要ステークホルダー エンドユーザーの購入基準 アンメットニーズとホワイトスペース
5.14 投資と資金調達のシナリオ
5.15 AI／遺伝子AIがシングルセルシーケンス市場に与える影響
5.16 米国の関税がシングルセルシーケンス市場に与える影響 主要な関税率の紹介 価格の影響分析 国・地域への影響 – アメリカ – ヨーロッパ – アジア太平洋地域 エンドユーザーへの影響 – 製薬・バイオテクノロジー企業 – 病院・診断ラボ – 学術・研究機関 – 受託研究機関
シングルセルシーケンス市場、オファリング別、2023年～2030年（百万米ドル）
6
6.1 はじめに
6.2 製品
6.3 サービス
シングルセルシーケンス製品市場、種類別、2023年〜2030年（百万米ドル）
7
7.1 はじめに
7.2 製品 消耗品 – プレシーケンス試薬＆キット – シーケンス試薬＆キット 機器 – シーケンスプラットフォーム – プレシーケンス機器 ソフトウェア – ソフトウェアツール（データ解析、データ可視化など） – データ保存＆管理プラットフォーム
シングルセルシーケンス製品市場、ワークフロー別、2023年～2030年（百万米ドル）
8
8.1 導入8.2 プレシーケンス（サンプル調製およびライブラリー調製）
8.3 シークエンシング
8.4 データ解析および解釈
シングルセルシーケンス製品市場、エンドユーザー別、2023年～2030年（百万米ドル）
9
9.1 導入
9.2 学術・研究機関
9.3 製薬・バイオ医薬品企業
9.4 病院・臨床検査室
9.5 クロスのシングルセルシーケンス市場：サービス種類別、2023-2030年（百万米ドル）
シングルセルシーケンス市場、サービス種類別、2023-2030年（百万米ドル）
10
10.1 導入
10.2 プレシーケンスサービス サンプル調製、単細胞分離＆濃縮サービス ライブラリー調製サービス
10.3 シーケンス
10.4 データ解析＆バイオインフォマティクスサービス
シングルセルシーケンスサービス市場、エンドユーザー別、2023年～2030年（百万米ドル）
11
11.1 導入
11.2 学術・研究機関
11.3 バイオテクノロジー・製薬企業
11.4 病院・臨床検査室
シングルセルシーケンス市場、シーケンス種類別、2023年～2030年（百万米ドル）
12
12.1 導入
12.2 単一細胞トランスクリプトームシーケンス（scRNA-seq）
12.3 シングルセルゲノムシーケンス（scdna-seq）
12.4 シングルセルアタックシーケンス（scatac-seq）
12.5 その他
シングルセルシーケンス市場、用途別、2023年～2030年（百万米ドル）
13
13.1 導入
13.2 研究用途 基礎研究＆トランスレーショナルリサーチ、がん研究、幹細胞＆発生生物学、神経学＆脳研究、微生物学＆感染症、臓器開発＆再生医療 創薬＆開発
13.3 診断・臨床応用
…
【本レポートのお問い合わせ先】
www.marketreport.jp/contact
レポートコード：BT 9503